umeblog: 2015

2015年12月8日火曜日

おいしい山形

慶応大SFC（鶴岡　先端生命科学研究所）の出張講義に行ってきました。
…本務（生化学講義）をサボって…。

共生２年生が中間テストを解いている頃，私は，板谷研名物の「パルスフィールド大通り」を見学していました。

大規模ゲノム工学の聖地と聖者板谷教授

また，SPIBERの工場なども遠巻きに見ました：すごい成長してるんだなあ，とビックリ。サラリーマンの給料で買えるようなものなら，MOON PARKAほしいなあ。

共生２年生が中間テストのことをすっかり忘れはじめている頃，僕はSFCの研究者の方々と「おいしい山形」を堪能していました。何を食べても美味しかったなあ……
….罰があたってか，声が潰れてしまいました。

千葉に着いた瞬間，通販で即注文！

今週末の農芸関東支部例会での講演まであと２日。
潰れた声が回復しなければ，…….コンサートは中止？

2015年11月21日土曜日

JOJO

そういえば2007年のことですが，米国の生命科学雑誌Cellの表紙を，ある有名な漫画家の描いた絵が飾って話題になったことがありました（顛末はこういうことなんだそうです）

いいサイエンス＋セレブな友達＋話のわかるEditor ＝奇跡
そんなの望むべくもないので，ウチが目指すのは，こちらのパクリです

Nature Publishing GroupのFace Bookの「きになる絵」

Penn State Univの研究チームがNature Communications誌に発表した論文が，NPGのFace bookにFeatureされています。研究内容はともかくとして，その紹介写真が脱力系カワイイくて好きです。

….よくみると，裏紙のように見える...。
うすく下書きのあとも残っている…..

ふつう，featureされた論文の写真はこんなかんじで，もっとちゃんとしています。実際，「写真」というカテゴリなので，「模式図はだめ」「説明の文字などがはいってばダメ」「一枚ものの写真にしなさい」とか，煩さ細かい指示がされ，案外，つまんないやつが多い（うちのは十分カワイイけど）。

これは，裏紙？に書いた落書きを，「ぱしゃ」っと撮っている。
文字も絵の一部であり，
一枚ものの写真という点を考えれば，，，
Regulatonは全てクリアしている…..の…..か？

2015年8月26日水曜日

コリン誘導系、つくりました！

協和醗酵バイオと新開発した「コリン」センサーの論文が, アメリカ化学会のASAP Alertに載りました。

コリンは卵黄に特に豊富な成分。卵ひとつに、およそ0.2gのコリンが入っているそうです（一日の必要量の半分だとか）。今回，私たちが開発したのは，コリンで遺伝子発現を誘導できるわけです。我々が開発したBetIは「タマゴの黄身センサ」として働くわけ（下図）。

なんに使えるかって？　以下を読んでください。

[遺伝子の発現誘導システムの必要性]

プラスチック材料、香料、色素、医薬、そしてガソリン....。酵素工学の進歩によって様々な化成品の生合成経路が創れるようになってきました。これら「人工経路」を細胞の中で効率よく働かせるためには，その経路をなすひとつひとつの酵素遺伝子の発現量やタイミングを精密に制御する必要があります。とくに僕らが創る人工経路は、それが優秀なほど（つまり「強すぎ」「非天然すぎ」なほど），宿主細胞の多大な負荷を与えます。

そこでバイオ生産の現場では，十分な細胞数に達するまでは、導入した人工代謝経路は「寝ていて」ほしいわけです。そして十分な細胞数を得たら、一気に発現する。これが理想。

タイミングを見計らって，一気にビジネス

この遺伝子の発現量調節にはいろいろな方法がありますが、最もよく用いられるのが「遺伝子転写スイッチ」です。なかでもいちばん良く知られるのが，IPTG（イソプロピル-β-チオガラクトピラノシド）という人工の糖誘導体を用いるlac転写制御系です。

しかしこのIPTGという試薬は非常に高価であり，これを使うだけで製品1kgあたり，1万円のコスト増になるようです。抗体など医薬品の生産ならともかく、化成品（kg単価は100円～1万円）の製造にはとても使えません。また人工物質なので食品添加物などの合成には歓迎されません。細胞毒性なども報告されています。

そこで我々は，コリンという，安全かつ安価な物質を誘導剤とする遺伝子誘導系を開発しました。

コリンは，サプリとして販売されているほどですから、大変安全な化合物です。それどころか，抗メタボにいい？　頭よくなる？　イライラ解消？　などの効用が謳われています（→ホントかどうかはわかりません）。

コリンは卵黄に豊富に含まれる栄養素ですので、かなり安価（おそらくkgあたり500円くらいでつくれるとのこと）です。これなら，あらゆる化合物の生物生産に使えるそうです。

コリン、安っ！　（Sigma-Aldrichの試薬価格）

BetIというセンサタンパク質を進化分子工学を用いて改造し，性能の良い遺伝子誘導系をつくったという，ある意味，straightforwardな研究です。でも，いままでにない、キレ、馬力ともに最強の遺伝子発現スイッチがつくれました。今回はそのspecが自慢です。

2015年8月10日月曜日

日刊工業新聞

「なが〜い人工生合成経路を作るための新手法」という内容で，
日刊工業新聞が我々の成果を記事にしてくださいました。
http://www.nikkan.co.jp/news/nkx0720150810eaah.html

内容が一般向けには抽象的かも？ということで一時は掲載が危ぶまれましたが，担当記者さんの情熱のおかげで！　無事生き残りました。　

…..まだ反響はゼロですが，それはこの世界の問題であり，僕らの問題ではありません。

2015年7月30日木曜日

７月３０日　伏見譲先生の講義

生物学入門最後のコマは，伏見譲先生に締めくくってもらいました。

結構，その価値が分かりました？　僕の講義よりもずいぶんちゃんと聞いてたように思うのだけど…。二年生でこれを聴けた皆さんがうらやましい。今年はますます内容が深化していて，後半は難しかったかもしれませんね.

めっちゃ真剣に聞いてるし

ぼくは1993年，三年生のときにこの先生の文章を読んで虜になり，学者として進むべき道が決まったのでした。それだけ刺激的で挑発的で感染力のある先生ですので注意してください。現役の若手研究者の中にも，同じ経験をしたひとを複数知ってます。もし２年生諸君の中に同様の犠牲者がいたならば，梅野研がひきとってあげます。

２年生向けの講義なのに，こんなOverSpecな人々がモグってきてました（↓）。

ん〜　到底学生には見えない受講者が混じっている？　

先生と談笑するうちの学生諸君：
進化工学やってんだもんね。話したいこといっぱいあるよね？

くそ〜　いいな〜　ぼくも話に入りたい….

2015年7月20日月曜日

熾烈なPeer Reviewプロセスを絵で表現する

High-profile JournalのPee reviewプロセスって，「とうりゃんせ」を越えて，もうなんだかスプラッターな営みです。この風刺絵の通りです。

しかしこの絵には，直してほしい点が２点ある：
1.　多くの学術誌において査読者はAnonymousな存在。どんなに厄介な論敵も，invisibleな相手ほど不気味ではない。この絵には，その恐怖は描かれてない。その拷問道具だけが道の脇に浮いて待ち構えているイメージがより正確である。
2.　掲載の可否が密室で決まること，その判断がarbitraryであるころも，論文を世に出す道程の苦難を倍加させている。これも盛り込んでほしかった。「Accepted」のネオンサインの前に，10mくらいのトンネルがあり，中には地雷が埋まっているらしい。

今回の論文は何度か，そのトンネルで絶命しました….。

2015年7月17日金曜日

おや〜？

こんなところに僕らの最新作の論文が紹介されているわぁ
♪(*￣ー￣)ｖ

2015年7月15日水曜日

非天然カロテノイドの論文ついに世に出ました

非天然カロテノイドの生合成経路に関する論文，ようやく世に出ました。
http://www.nature.com/ncomms/2015/150714/ncomms8534/full/ncomms8534.html

さきがけ「藻類バイオ」の研究成果として，JSTからプレスリリースしていただきました。
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20150715/index.html

千葉大からも！
http://www.chiba-u.ac.jp/general/publicity/press/pdf/2015/20150715_1.pdf

僕らの主張がアレコレ入った論文でして，一人でも多くの同業者に読んでいただきたいです(open accessですので是非：いやもう，よまなくてもDLだけでもしていただければ )。

それにしても，必要以上に査読で苦しんだ論文でもありました。テンション高すぎる査読プロセスに嫌気がさし，僕は途中で何回か休んじゃったりもしましたが，さきがけアドバイザの先生方に叱咤激励され，またJSTの皆さんにも本当に助けていただき，なんとか息絶え絶え，世に出せました。皆々様に感謝です。